Avec les chapelles, la famille impériale des Habsbourg s'est assuré un monument pour l'éternité : les deux chapelles impériales n'étaient pas prévues pour être des lieux de sépulture, aucun membre de la famille n'y a été enterré. Avec leur riche décoration, elles représentent la puissance de la maison des Habsbourg.
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Empereur du Saint-Empire Maximilien Ier
L'empereur du Saint Empire romain germanique, Maximilien I. († 1519) a fait don de trois fenêtres pour le choeur et des deux chapelles centrales, qui n'ont été consacrées qu'en 1572, bien des années après sa mort.
Les grilles

Les grilles des deux chapelles impériales sont presque identiques: on y trouve inscrit dans la partie supérieure l'année de la consécration et au-dessus de l'entrée, portées par des griffons, les armoiries impériales.
Les vitraux
La chapelle impériale (côté sud) est dédiée aux petits-enfants de Maximilien, qui apparaissent dans les vitraux.
Les épitaphes Renaissance
Deux épitaphes Renaissance sur le mur de droite font partie de l'aménagement ultérieur.
Le retable néogothique

Le retable néogothique de la Vierge Immaculée (1875) provient de l'atelier de Franz Xaver Marmon.
Hermann von Vicari

La statue, au centre de la chapelle, de l'archevêque de Fribourg Hermann von Vicari († 1868 et enterré dans la chapelle impériale côté nord) a été réalisée par le sculpteur fribourgeois Julius Seitz. Elle n'a été installée dans cette chapelle impériale qu'en 1936.