Le contrat de construction de la chapelle, consacrée en 1554 et également appelée Petit Choeur du Recteur (Rektor-Chörlin), a été conclu en 1505 entre la ville et l'université.
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Des professeurs, des membres et des mécènes de l'université y ont été enterrés entre 1535 et 1789. Les nombreuses épitaphes et plaques commémoratives dans et devant la chapelle sont là pour honorer leur mémoire. Il reste trois dalles funéraires sur celles existantes à l'origine.
Les clefs de voûte

Le clef de voûte dans le déambulatoire du chœur avec le patron de l'université, saint Jérôme, entouré des trois armoiries.

Le patron de la chapelle avec le Christ enseignant de douze ans, entouré des trois blasons.
Les vitraux
Le retable d'Oberried

Les panneaux centraux
Les panneaux centraux du retable d'Oberried ont été réa-lises vers 1525/26 par Hans Holbein le Jeune pour le marchand et conseiller municipal bâlois Hans Oberried. Le donateur et sa famille sont agenouillés devant la Nativité (à gauche) et l'Adoration des Rois Mages (à droite).

Retable fermé
Oberried a probablement ramené les panneaux à Fribourg, lorsqu'il a tourné le dos à Bâle, en 1529, à cause de la Réforme. Les tableaux offerts à l'université par un descendant d'Oberried composent en 1554 le tableau central d'un nouvel autel, complété par des volets représentant les quatre Pères de l'Église.
Une galerie d'épitaphes et de plaques commémoratives

Ulrich Zasius - Le fameux premier
Ulrich Zasius († 1535), qui fut le premier à être enterré dans la chapelle de l'université, a exercé d'autres tâches et fonctions auprès de la ville en plus de son métier de professeur de droit à l'université. Il s'agissait notamment de rédiger le droit de la ville de Fribourg. Dans l'inscription de son épitaphe, il est considéré comme le juriste le plus célèbre de son époque ; son portrait le représente avec l'habit de professeur et la calotte d'érudit.
Face cachée : Michael Kübler de Kißlegg
L'épitaphe pour Michael Kübler de Kißlegg († 1605) recèle deux secrets à la fois. Kübler était ecclésiastique de l'église cathédrale de Bâle et a fait des dons à l'université de Fribourg, ce qui justifie le placement de son épitaphe dans la chapelle depuis 1827.
Le tableau, qui semble à première vue habituel, peut être retiré du cadre sur le côté gauche : Il révèle ainsi le portrait de Kübler, un chapelet à la main, devant un Christ en croix.